運輸安全委員会は調査官を派遣して、航空機の使用者・搭乗員・事故における救助者など航空事故における関係者から事情を聴取・質問し、関係物件等の留置・保全、立ち入りの禁止などの措置をとることができる（運輸安全委員会設置法13条）。
なお、運輸安全委員会の調査と警察官・検察官による捜査は通常同時並行的に行われるが、法制度上はそれぞれ目的を異にする独立の手続である。
刑事責任を追及するための事故調査を主導するのは警察と検察であり、調査対象は事故機の操縦や整備に関わっていた個人が業務上過失致死罪、業務上過失傷害罪、重過失致死傷罪などによる処罰の対象になるか否かという点に重点を置く。
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これに対し、運輸安全委員会の調査は事故の再発防止などに重点を置く行政手続であるため、調査官の処分権限は「犯罪捜査のために認められたものと解釈してはならない」と法律で明記されている（運輸安全委員会設置法13条5項）。
なお、今日の航空事故調査には欠かせないフライトデータレコーダー（飛行状況記録機、FDR）と コックピットボイスレコーダー（操縦室音声記録機、CVR）だが、日本では1966年の全日空羽田沖墜落事故の際に経路追跡などができず原因不明となったことを教訓に、すべての旅客機にこの搭載が義務づけられた。